Michał Józef Masalski urodził się około 1700 roku i należał do książęcego rodu wywodzącego się od Rurykowiczów. Ojcem Michała był starosta grodzieński Jan Masalski, a matką Anna Wołowicz. Kształcił się w Akademii Wileńskiej.
W 1717 roku Masalski otrzymał swoje pierwsze stanowiska Tyuna i starosty radoszkowskiego, a od 1718 roku zaczął stale brać udział w sojmach, na których występował jako zwolennik dworu królewskiego i partii Czartoryskich.
W 1726 roku Michał Józef Masalski otrzymuje stanowisko wielkiego pisarza Litewskiego i pomaga Michałowi Czartoryskiemu zostać wielkim kanclerzem litewskim. Był również zwolennikiem Sapiehów w ich sporze z Radziwiłłami o posiadłości Neuburskie, w skład których wchodziło miasto Słuck.
W 1733 roku Masalski został wybrany na marszałka sojma. W tym samym czasie na sejmie elekcyjnym wspiera Stanisława Leszczyńskiego w walce o tron królewski Rzeczypospolitej i walczy po jego stronie. Jednak po klęsce Leszczyńskiego w wojnie o tron został zmuszony do ucieczki do Królewca.
Po dłuższym pobycie w Prusach Michał Józef wraca do ojczyzny i uznaje za króla Augusta III. W 1737 roku został mianowany wojewoda mstyślawskim, w 1742 roku kasztelanem trockim, a w 1744 roku kasztelanem Wileńskim i polnym getmanem litewskim.
Do 1747 roku Masalski wspierał Sapiehów w ich walce z Radziwiłłami, jednak stosunki te stopniowo się ochładzały i jeszcze bardziej zbliżył się do Czartoryskich, biorąc udział w ich dążeniu do reformy państwa. Po zerwaniu tych ostatnich z dworem królewskim pozostał ich sojusznikiem. W 1756 roku wraz z nimi kontynuował walkę z Radziwiłłami, tym razem o stanowisko marszałka Trybunału Litewskiego, na które ostatecznie wybrano zwolennika Czartoryskich E. Fleminga.
W 1762 roku Michał Józef Masalski został mianowany na stanowisko Wielkiego getmana Litewskiego. W 1763 roku wraz z Czartoryskimi podpisał manifest przeciwko Radziwiłłom podczas wyborów nowego marszałka Trybunału Litewskiego.
Po śmierci Augusta III wraz z Czartoryskimi w wyborach nowego króla Rzeczypospolitej popierał kandydaturę Stanisława Augusta Poniatowskiego. W 1764 roku, przy pomocy wojsk rosyjskich, Poniatowski objął tron i natychmiast na soimie koronacyjnej podjęto decyzję o utworzeniu komisji wojskowej Litewskiej, która ogranicza prawa hetmanów. Doprowadziło to do zerwania stosunków Masalskiego z Czartoryskimi i zaczął przeszkadzać w tworzeniu pro królewskiej partii Poniatowskiego na Litwie, starając się stworzyć swoje potężne ugrupowanie do walki o odzyskanie praw hetmanów. Walka ta trwała do śmierci Michała Józefa Masalskiego 26 stycznia 1768 roku.