Historykom nie udało się jeszcze ustalić dokładnej daty powstania kościoła św. Michała w Synkowiczach. Według legendy kościół został ufundowany przez wielkiego księcia litewskiego Witolda w podzięce za to, że w tutejszych lasach mógł ukryć się przed pościgiem Jagiełły, wysłanego za nim podczas ucieczki z zamku w Krewie. Według drugiej wersji, z którą zgadza się wielu historyków i historyków sztuki, kościół św. Michała, podobnie jak podobny kościół Świętej Trójcy w Wilnie, został ufundowany przez hetmana wielkiego litewskiego Konstantego Ostrogskiego.
Oba kościoły są podobne pod względem oryginalnego planu, zastosowania trompe l'oeil (zewnętrznej, zwykle w formie schodkowej niszy, sklepionej konstrukcji w formie części stożka) w wykończeniu ścian apsydy oraz dekoracji tylko wschodnich wież i apsydy pasem fałszywych ślepych łuków w celu podkreślenia sakralnego znaczenia części ołtarzowej. Jest całkiem możliwe, że kościoły te zostały zbudowane przez tych samych architektów.
Michała w Synkowiczach został zbudowany w syntezie architektury gotyckiej i bizantyjsko-ruskiej lub, jak nazywają go niektórzy współcześni badacze, w stylu "białoruskiego gotyku prawosławnego". Michała jest jednym z pierwszych kościołów obronnych zbudowanych na terytorium Wielkiego Księstwa Litewskiego.
Kościół w Synkowiczach jest budowlą z czterema narożnymi wieżami, lekko asymetryczną w planie i zakończoną na wschodzie trzema kanonicznymi półkolistymi aspiratami równymi szerokości naw bocznych. Wschodnie wieże mają kształt półokrągły, a następnie cylindryczny, podczas gdy wieże zachodnie mają fasety od dołu do góry.
Kościół św. Michała w Synkowiczach zostały zbudowane w stylu gotyckim z cegieł o wymiarach 26-27 x 13-13,5 x 7 cm na podłożu wapienno-piaskowym. Fundamenty przedsionka (przybudówki przed wejściem do kościoła) i głównej bryły nie zazębiają się, co świadczy o niesynchroniczności ich budowy. Na podstawie kształtu cegieł i techniki murowania można stwierdzić, że przedsionek został zbudowany nie później niż w XVI wieku.
Cztery filary dzielą wnętrze kościoła na trzy nawy o równej wysokości, co nadaje wnętrzu wygląd hali. Zastosowanie tego stylu było promowane przez rozprzestrzenianie się architektury greckiej w drugiej połowie XIII-XIV wieku. U podstawy filary mają kształt kwadratu, a powyżej - ośmiościanu. Nawy pokryte są łukami w kształcie krzyża, a południowo-wschodnia absyda łukami złożonymi, charakterystycznymi dla architektury późnogotyckiej.
O obronnym charakterze kościoła św. Michała w Synkowiczach świadczy obecność otworów strzelniczych w narożnych wieżach, a także otworów strzelniczych-mashiquli znajdujących się tam i w ścianach kościoła. Luki były przeznaczone do użycia ręcznej broni palnej tylko do obrony podejść do świątyni; luki drugiego typu, znajdujące się w wystarczająco głębokich i wysokich wnękach wież, rozszerzały się do wewnątrz, co umożliwiało ostrzał zarówno podejść do świątyni, jak i przyległego terytorium.
Kościół św. Michała ma również architektoniczny niuans: we wschodniej ścianie nie ma okien, co prowadzi do nierównomiernego oświetlenia wewnątrz świątyni, najwyraźniej taką decyzję tłumaczy się chęcią obrony części ołtarzowej w przypadku napaści.
Kościół św. Michała w Synkowiczach był remontowany w latach 1841 i 1880-1881. W tym okresie nie dokonano żadnych znaczących zmian w wyglądzie architektonicznym. Następnie w latach 60. XIX wieku kościół został odrestaurowany pod kierunkiem architekta Trubnikowa. W 1891 r. w pobliżu narteksu zbudowano dzwonnicę, która różni się stylem od kościoła.