Stanisław urodził się około 1451 roku w rodzinie starosty Żmudzkiego, kasztelana Trockiego i Wileńskiego Jana Kezgailo. Jego ród należał do starego bojarstwa litwinskiego, który został ochrzczony na katolicyzm po 1385 roku i miał, Greb "Zadora". Założycielem rodu jest Bojar o imieniu Kezgailo, Namiestnik wilkamirski, starosta żmudzki, kasztelan Wileński żyjący w latach 1380-1449.
Po śmierci ojca Stanisław Kezgailo również zajmował jego stanowiska. W 1486 został starostą żmudzkim, w 1499 kasztelanem trockim, a w 1522 Wileńskim. Aktywnie zajmował się działalnością państwową. Brał udział w podpisaniu wiecznego pokoju Litwy z Księstwem Moskiewskim i 5 lutego 1494 roku złożył swój podpis w tym traktacie. Ponadto wykonywał osobiste zadania wielkiego księcia litewskiego Aleksandra i poślubił go za Elenę, córkę księcia moskiewskiego Iwana III Wasiljewicza.
W 1501 roku Stanisław Janowicz Kezgailo został tymczasowo mianowany na stanowisko Wielkiego getmana Litewskiego, w związku z przebywaniem Konstantyna Ostrogskiego w niewoli moskiewskiej. Na tym stanowisku nie przebywał długo i w 1503 przeszła do Stanisława kiszki.
Stanisław Kiezgajło był trzykrotnie żonaty i miał czworo dzieci: trzech synów Michała, Jana i Stanisława (starosta żmudzki, kasztelan Trocki, jeden z największych magnatów) oraz najmłodszą córkę Barbarę, która potem wyszła za mąż za Jana Zabrzeskiego.
Stanisław Janowicz Kezgailo zmarł w 1527 roku w Wilnie i tam też został pochowany.