Stefan Batory urodził się 27 września 1533 roku w miejscowości Giladishomlio w Transylwanii, (dziś jest to miasto Shimleu-Silvania, Rumunia). Jego ojcem był Węgierski wojewoda Transylwanii Istvan IV, a matką Katarzyna Telegdy, która była córką węgierskiego podskarbia koronnego Stefana Telegdy. Rodzice nadali chłopcu imię Istvan, ale w Polskiej transkrypcji przeszedł do historii pod imieniem Stefan. Herbem rodowym Batorego był wizerunek trzech pazurów/zębów smoka, w czerwonym polu trzy srebrne prawe kliny. Legenda mówi, że przodek rodu zgłosił się na ochotnika do zabicia smoka, który osiadł na lokalnych bagnach i otrzymał za to zamek i herb.
Rodzice Stefana Batorego, jako przedstawiciele węgierskiej szlachty, starali się zapewnić synowi dobre wykształcenie. Pierwsze podstawy nauki wojskowej młody człowiek poznał na dworze króla czeskiego i węgierskiego Ferdynanda I. Następnie wraz z nim wyjechał do Włoch, gdzie ukończył Uniwersytet w Padwie. Podczas nauki Stefan świetnie nauczył się łaciny i później, to właśnie w tym języku komunikował się ze szlachtą Litwy.
Walcząc po stronie Ferdynanda I przeciwko Turkom, Batory został schwytany, z którego Ferdynand i odmówił jego wykupienia. Po pewnym czasie w niewoli u Turków został uwolniony i wrócił do ojczyzny, gdzie poszedł na służbę księcia Transylwanii Jana Zygmunta Zapolskiego. Następnie został wysłany jako ambasador do Niemców, gdzie podczas pogarszających się stosunków z Transylwanią został aresztowany i spędził trzy lata w więzieniu, czytając i studiując tam różne książki o historii i sprawach wojskowych.
Po uwolnieniu Stefan wraca do ojczyzny. W 1571 roku został księciem Transylwanii. W 1576 roku, w trudnej sytuacji politycznej, kiedy Rzeczpospolita z powodu ucieczki Henryka Walua (aby zdążyć zasiąść na francuskim tronie), pozostała praktycznie bez króla, Stefan Batory wysuwa swoją kandydaturę. A przy wsparciu średniej i drobnej szlachty polskiej zostaje wielkim księciem litewskim i królem polskim. Musi przy tym zgodzić się z kategorycznym warunkiem jego wyboru na tron, Stefan zobowiązany jest poślubić Anne Jagielonkę, siostrę Zygmunta II Augusta. Panna młoda jest o 10 lat starsza od pana młodego i miała wtedy 50 lat.
Dalsze wydarzenia rozwijają się na tle toczącej się w tym czasie wojny inflanckiej, przy czym sukces na tym etapie towarzyszył Moskwie. Jednak wraz z przybyciem Batorego sytuacja się zmienia. Stefan potrzebuje silnej armii i rozpoczyna transformację, przyciągając do wojska profesjonalnych najemników Węgierskich, niemieckich, szwajcarskich i innych. Wzywa również węgierskich i jugosłowiańskich jeźdźców zwanych racami, z których później powstaje elitarna kawaleria Królestwa Polskiego i Wielkiego Księstwa Litewskiego, słynni skrzydlaci husarze. Stefan odwrócił wynik wojny na korzyść Litwy. Udało mu się wyzwolić zajęte przez Moskwę wschodnie ziemie Wielkiego Księstwa Litewskiego, a 30 sierpnia 1579 roku wyzwolono kluczowe Miasto wschodnich granic Litewskich Połock. Po Połocku Wojna przeszła już na terytorium Księstwa Moskiewskiego.
Dla Stefana Batorego była to także osobista wojna z Iwanem Groźnym. Wysłał mu listy, w których oskarżył rosyjskiego cara o żądzę krwi, że niszczy wszystkich swoich poddanych i rządzi nimi nie jako równymi sobie, ale jako bydłem. Do listów dołączał książki, które były publikowane w Europie o Iwanie groźnym, a w jednym z listów nawet wyzwał cara na pojedynek. Oczywiście Iwan Groźny nic nie odpowiedział Batoremu. W przeciwieństwie do rosyjskiego cara Batory osobiście uczestniczył w kampaniach wojskowych i oblężeniach miast i nie zachowywał się jak król, ale jak zwykły żołnierz, zasypiając w łóżku polowym i używając zamiast Królewskiego krzesła prostej beczki polowej.
Po zwycięstwie zamiast zamku wawelskiego w Krakowie Stefan Batory wrócił ponownie do Grodna, gdzie przerobił zamek miejski na rezydencję króla Rzeczypospolitej. W związku z tym, przez cały czas tam mieszkał, faktyczną stolicą Rzeczypospolitej było Grodno.
Król patronował katolicyzmowi i pod każdym względem wspierał duchowieństwo katolickie. Nic więc dziwnego, że pod jego rządami powstało wiele szkół jezuickich, w których przygotowywano kompetentnych wykonawców do licznych reform. 1 kwietnia 1579 roku król wydał przywilej, zgodnie z którym kolegium jezuickie w Wilnie zostało przekształcone w akademię i Uniwersytet Wileński. W ciągu pięciu lat powstały kolegia jezuickie w Połocku, Nieświeżu, Lublinie, Rydze, Kaliszu, Lwowie i Derpie. Zostałyby zbudowane w Grodnie i Brześciu, ale zakon po prostu nie miał wystarczających zasobów.
W 1582 roku Stefan Batory wprowadził użycie kalendarza gregoriańskiego, którego używamy do dziś (w Rosji wprowadzono go dopiero w 1918 roku).
Pomimo chęci wzmocnienia władzy królewskiej Batory nadal przestrzegał swoich obietnic i zasad. Uznał więc, że WKL jest samodzielną potęgą w składzie Konfederacji, a także nie mianował Polaków wojewodami i głównodowodzącymi armii Litwy.
Najprawdopodobniej Batory przygotowywał się do nowej wojny z Księstwem Moskiewskim, ponieważ chciał odzyskać utracone wcześniej granice Litwy. Niespodziewana śmierć pokrzyżowała plany. 12 grudnia 1586 zmarł na swoim Zamku Królewskim w Grodnie. Aby ustalić przyczynę śmierci króla, lekarze przeprowadzili pierwszą w Europie Wschodniej anatomiczną sekcję zwłok. Przyczyny nigdy nie zostały ustalone, ale król najprawdopodobniej zmarł na marskość wątroby, ponieważ spożywał zbyt dużo wina. Stefana Batorego pochowano w Grodnie, ale jego szczątki ponownie pochowano w krakowskim Zamku Wawelskim. Imię Stefana Batorego nosił kiedyś Uniwersytet w Wilnie, ale główne ulice w Wilnie i Grodnie nadal noszą jego imię.