Wojna inflancka, która rozpoczęła się w 1558 r., była mieszanym sukcesem dla WKL. Jednak pod koniec lat 60. dla wielu magnatów i szlachty u władzy stało się jasne, że WKL nie ma wystarczającej siły, aby kontynuować walkę z Księstwem Moskiewskim, a to może doprowadzić nie tylko do porażki w wojnie, ale także do utraty większości ziem należących do Wielkiego Księstwa Litewskiego.
Było już oczywiste, że Litwa do zwycięstwa potrzebuje sojusznika. Naturalnie głównym pretendentem była Polska, z którą Wielkie Księstwo Litewskie łączyły bliskie więzi, zawierane od XIV wieku unie personalne i międzypaństwowe, a także wspólny monarcha Zygmunt August.
Obie strony miały swoje interesy: polscy magnaci i Kościół katolicki dążyli do uzyskania nowych ziem i papiestwa, większość magnatów WKL chciała zachować całkowitą niezależność i nie dopuszczać Polaków do dóbr WKL, uważała, że wystarczy tylko unia wojskowo-polityczna, a drobna szlachta wręcz przeciwnie dążyła do zjednoczenia z Polską, aby uzyskać takie same prawa i wolności jak polska szlachta.
W trosce o zachowanie niezależności Litwy od Polski, magnaci odbyli dwa sejmy WKL, zanim udali się na wspólny sejm z Polakami w celu podpisania unii. Gorodenski - w maju-lipcu 1568 roku i Wojewoda - 9 maja 1568 roku. Na obu sejmach podkreślano znaczenie zachowania państwowości Litwy. 21 grudnia obecny na tych sejmach wielki książę litewski i król Polski Zygmunt August został zmuszony do wystosowania listu, w którym obiecywał zachować WKL i nigdzie nie wspominać o jej podległości Polsce. 23 grudnia 1568 r. delegacja WKL z Woyniłowa wyjechała na sejm do Lublina.
Sejm lubelski został oficjalnie otwarty przez Zygmunta Augusta 10 stycznia 1569 roku. W sejmie wzięło udział do 160 delegatów z obu stron. Delegacja litewska składała się z kanclerza i wojewody wileńskiego Mikołaja Radziwiłła Ryżego, starosty żmudzkiego Jana Chodkiewicza, podkanclerzego Ostafija Wołowicza oraz innych magnatów i przedstawicieli szlachty.
Od pierwszych dni obrad sejmu lubelskiego doszło do konfrontacji między obiema stronami. Nie było zgody nawet co do części proceduralnej sejmu. Litwini trzymali się z boku, podczas gdy Polacy domagali się wspólnych obrad. A nawet gdy strony się spotkały, Polakom nie udało się przekonać magnatów z Litwy, a delegaci litewscy nie mogli rozmawiać z Zygmuntem Augustem.
Im dalej posuwały się negocjacje, tym bardziej narastała konfrontacja między obiema stronami. Spory osiągnęły stan histerycznej reakcji. Polacy byli gotowi do ustępstw tylko w formalnych kwestiach zewnętrznych. 3 lutego 1569 r. polscy delegaci przedstawili swój projekt unii lubelskiej, który stwierdzał, co następuje:
- Oba państwa będą zjednoczone w jedną i niepodzielną całość;
- Wybrany w Lublinie monarcha, król Polski, przyjmując koronę polską, zostanie również wielkim księciem litewskim;
- Prawa Polaków i Litwinów są potwierdzone jednym wspólnym aktem, ale radcy i dostojnicy państwowi przysięgają królowi osobno;
- Sejmy walne zwoływane są co trzy lata, a w razie potrzeby mogą odbywać się częściej;
- Dla rozpatrzenia spraw bieżących dozwolone są osobne sejmy w Polsce i WB, z udziałem senatorów drugiej strony;
- Traktaty z innymi państwami zawierane są wspólnie;
- We wszystkich innych przypadkach unia nie narusza praw, wolności i ustaw Wielkiego Księstwa Litewskiego, a niektóre urzędy litewskie zostają zachowane.
Litwini, po rozpatrzeniu tego projektu, nie zgodzili się z nim i 15 lutego zaproponowali własną wersję w następujący sposób:
- Wspólny monarcha, król Polski i wielki książę litewski, będzie wybierany przez równą liczbę elektorów na granicy obu państw. Będzie on koronowany i zaprzysiężony w każdym kraju z udziałem przedstawicieli drugiego. Nie później niż trzy miesiące po koronacji w Krakowie monarcha musi wstąpić na tron litewski. Bez przysięgi WKL nie jest on Wielkim Księciem Litewskim i nie może sprawować władzy;
- Sejmy walne zwoływane są w sprawach wyboru monarchy, wojny i pokoju, wysyłania ambasadorów i podatków wojennych. Wszystkie decyzje są poświadczane pieczęcią obu stron. Ponadto, decyzją obu stron, monarcha zwołuje sejmy na granicy państw, które muszą odbywać się naprzemiennie w obu krajach. Sprawy każdego kraju są rozpatrywane na oddzielnych sejmach tego samego państwa;
- Tytuły i stanowiska zostają zachowane;
- Obrona jest prowadzona wspólnie;
- Ziemia może być nabywana i osiedlana w obu krajach, ale urzędy świeckie i kościelne mogą być sprawowane tylko przez mieszkańców własnego kraju;
- Kursy wymiany walut są zrównane, ale tytuł Wielkiego Księcia Litewskiego jest wybijany na legendzie litewskich monet;
- W Wielkim Księstwie Litewskim nie obowiązuje ekskomunika.
Projekt unii litewskiej nie odpowiadał stronie polskiej, a na sejmie znów gorąco debatowano. Negocjacje stanęły w martwym punkcie. Wielki książę litewski i król Polski, który wciąż wahał się z podjęciem decyzji (argumenty Litwinów wciąż wywierały na niego wpływ), w końcu postanowił ustąpić Polakom i obiecał uregulować kwestię unii. 28 lutego ogłoszono delegacji litewskiej, że odtąd obrady sejmu będą odbywały się wspólnie, a Zygmunt August poprze polski projekt unii i ogłosi swoją decyzję.
1 marca, w odpowiedzi na tę zapowiedź, delegacja Litwy wyzywająco opuściła obrady sejmu, a poszczególni przedstawiciele zaczęli wyjeżdżać z Lublina. W odpowiedzi, w celu wymuszenia na delegacji litewskiej, Zygmunt August zgodził się na polskie żądania przyłączenia do Polski województw podlaskiego, wołyńskiego, kijowskiego i bracławskiego. Litwinom nie pozostało nic innego, jak powrócić do stołu negocjacyjnego, tym bardziej, że unia była im bardziej potrzebna niż Polakom.
Negocjacje wznowiono 5 kwietnia. Ponownie rozpoczęły się spory o projekt unii i inne warunki utworzenia państwa związkowego. Trwały one do 28 czerwca 1569 r., w którym to dniu obie strony zgodziły się na podpisanie aktu unii.
Zgodnie z aktem, unia lubelska zawierała następujące klauzule:
- Królestwo Polskie i Wielkie Księstwo Litewskie zostały połączone w konfederacyjne państwo Rzeczpospolitą Obojga Narodów;
- W Polsce zwołano Sejm Walny (Wileński);
- Wybrano wspólnego monarchę, który był koronowany tylko w Krakowie i nie był intronizowany w Wilnie. Nadano mu tytuł króla Polski i wielkiego księcia Litwy, Rusi, Prus, Mazowsza, Żmudzi, Kijowa, Wołynia, Podlasia i Inflant;
- Zachowano odrębną administrację Litwy, odrębne prawa i ustawy, terytorium WKL i granice państwa, wojsko, skarb i system prawny.
W rezultacie Unia Lubelska przyniosła zarówno pozytywne, jak i negatywne skutki dla Litwy. Pozytywne pod względem militarnym i politycznym, ponieważ nowo utworzone państwo Rzeczypospolitej Obojga Narodów stało się jednym z największych i najpotężniejszych państw w Europie, a negatywne, ponieważ Litwa straciła prawie połowę swojego terytorium.