W połowie XVI wieku Inflanty były zagrożone przez Księstwo Moskiewskie; car Iwan Groźny zamierzał je przejąć. Wielki Książę Litewski i król Polski Zygmunt August uważal, że zajęcie Inflant byłoby niebezpieczne dla WKL, ponieważ po ich zajęciu Księstwo Moskiewskie uzyskałoby dogodny przyczółek, z którego mogłoby łatwo uderzyć na Wilno i Połock.
W 1559 r. Mikołaj Radziwiłł Czarny został wysłany do Rygi, aby negocjować z mieszkańcami Rygi ich przejście pod władzę Litwy, ale Radziwiłłowi nie udało się ich przekonać, ponieważ nie wierzyli w możliwość oporu WKL wobec Moskali bez wsparcia Polski, która w tym czasie nie podjęła jeszcze decyzji.
Pod koniec sierpnia 1559 r. w Wilnie zwołano sejm walny, na którym uzyskano zgodę na pobór podatków ziemskich i wysłanie wojsk do obrony Inflant. Obecnym na sejmie inflanckim wyjaśniono, że sytuacja nie pozwala im czekać na decyzję Polski. Zbliżający się koniec rozejmu z Moskwą wpłynął na inflanckich posłów i zgodzili się oni na wymuszone ustępstwa na rzecz WKL.
Traktat między WKL a Inflantami został zawarty w Wilnie 31 sierpnia 1559 roku. Zgodnie z traktatem wileńskim mistrz zakonu inflanckiego Gotthard Ketler i arcybiskup Wilhelm wraz ze wszystkimi swoimi dobrami przeszli pod opiekę Litwy. W zamian Zygmunt August obiecał bronić Inflant przed księstwem moskiewskim i zwrócić wszystkie ziemie zagarnięte przez Moskwę.
Ponadto, aby zapewnić obronę, Zakon Liwoński przekazał WKL swoje południowo-wschodnie ziemie z zamkami Dunaburg (Daugavpils), Bauska, Lucin (Ludza), Zelzburg, Rositen (Rezekne), Lenevard i Marienhausen, a także posiadłości Bersen i Lubano. Zakon inflancki zachował prawo do wykupu swoich posiadłości po zakończeniu wojny, a w przypadku niewznowienia wojny wykup nie był wymagany. Traktat wileński skutecznie ogłosił zakon inflancki wasalem WKL, zachowując jednocześnie jego państwowość.