Do 1561 r. sytuacja Liwonii uległa ostatecznemu pogorszeniu, a oprócz Księstwa Moskiewskiego roszczącego sobie prawa do jej ziem, Szwecja przyłączyła się do przejmowania i plądrowania terytoriów. Zakon inflancki musiał poświęcić Tallin i oddać go Szwedom, aby ci nie wypowiedzieli wojny.
Książę Mikołaj Radziwiłł Czarny, widząc, że los niepodległej Inflant został już praktycznie przesądzony, również postanowił wykorzystać sytuację i przyłączyć resztki Inflant do Litwy. Tego samego zdania był wielki książę litewski i król Polski Zygmunt August, który nie mógł się jeszcze zdecydować, czy lepiej przyłączyć Inflanty do WKL, czy do Polski. Na prośbę Radziwiłła pisał do mistrza zakonu inflanckiego, że traktat wileński podpisany między nimi w 1559 r. wyczerpał się w warunkach obecnej rzeczywistości i konieczne jest zawarcie nowej umowy.
Inflanty zgodziły się na propozycję WKL, a Mikołaj Radziwiłł Czarny udał się do Rygi na negocjacje. 23 sierpnia 1561 r. Radziwiłł wkroczył do miasta z ogromnym orszakiem 900 osób, a 8 września wydano akt gwarancji politycznych i wyznaniowych dla obywateli Rygi. Chociaż mieszkańcy Rygi nie chcieli od razu przystąpić do WKL, nie byli już tak kategoryczni i nie odrzucili pomysłu, jak w 1559 roku. Pomimo odmowy, stworzono podstawy do przyłączenia Inflant do WKL i w połowie października 1561 r. przedstawiciele Inflant, na czele z mistrzem Zakonu Inflanckiego Gotthardem Kettlerem i arcybiskupem Wilhelmem, przybyli do Wilna.
Zwołano sejm, w którym uczestniczył Zygmunt August. Mieszkańcy Rygi zażądali, aby w ten sam sposób poddać ich polskiej kurateli. Polacy odmówili jednak wypełnienia tego zobowiązania, a Zygmunt August dał WKL możliwość rozwiązania kwestii inflanckiej bez udziału Polski. Chociaż Ryga odmówiła udziału w porozumieniu, mistrz zakonu inflanckiego i arcybiskup Rygi zgodzili się zaakceptować warunki WKL.
Drugi traktat wileński, znany również jako "Pacta Subjectionis", został zawarty 28 listopada 1561 roku. Zgodnie z traktatem wileńskim z 1561 r. Inflanty, z wyjątkiem Rygi, dołączyły do Wielkiego Księstwa Litewskiego jako autonomiczna prowincja, Zakon Inflancki został zniesiony, a Mistrz Zakonu Inflanckiego został świeckim księciem. Traktat gwarantował Mieszczanom prawo do zachowania istniejącego ustroju i swobodę praktykowania luteranizmu. Terytorium Inflant zostało podzielone na dwie części, które oddzielała rzeka Dźwina. Część prawobrzeżna została nazwana Księstwem Zadwińskim i znalazła się pod władzą WKL i Zygmunta Augusta, a książę Gotthard Kettler został mianowany jej administratorem. Lewobrzeżna część została podzielona na Księstwo Kurlandii i Księstwo Zemgale, które miały być rządzone przez przedstawicieli rodziny Kettlerów aż do całkowitego wygaśnięcia rodu. Ponadto Liwowie mogli bić własną monetę, zostali zwolnieni z podatków na czas nieokreślony z powodu wojny, a sądownictwo otrzymało autonomiczny statut.
Jeśli chodzi o Rygę, która pozostała niezależnym miastem, 17 marca 1561 r. obywatele Rygi zgodzili się przysiąc wierność Zygmuntowi Augustowi pod warunkiem, że nadal będą podlegać opiece Polski, w przeciwnym razie przysięga zostanie uznana za nieważną.