Janusz Kiszka urodził się około 1586 roku w rodzinie starosty żemojckiego Stanisława III kiszki i Elżbiety Sapiehy. Do 1603 roku studiował w Akademii Wileńskiej, w tym okresie nauki Janusz zmienia wyznanie, przechodząc z kalwinizmu na katolicyzm. W 1604 rozpoczął służbę wojskową pod dowództwem Jana Karola Chodkiewicza w czasie wojny Rzeczypospolitej ze Szwecja. Brał udział w bitwie pod Kirghholmem na czele własnego oddziału w chorągwi Ochotniczej.
1 kwietnia 1609 roku, dowodząc chorągwią gusarską, Janusz Kiszka wziął udział w zajęciu Pernawy (dziś Parnu, Estonia). Po przejechaniu 200 km w 6 dni przez lasy i teren... Kiedy żołnierze zbliżyli się do miasta, żołnierzom nie pozwolono nawet rozpalić ognisk ,aby się ogrzać (sprawa była w lutym). Nocny szturm był dla Szwedów zaskoczeniem, nie było sensu się opierać. Po wyzwoleniu miasta Janusz Kiszka pozostał w garnizonie miejskim i otrzymał stanowisko starosty Pernawy.
W wojnach pod dowództwem Jana Karola Chodkiewicza w 1611 roku, na czele pułku liwońskiego, Janusz uczestniczył w wyprawie na Moskwę podczas wojny Rzeczypospolitej z Królestwem Moskiewskim. Pokonał potężne wojsko moskiewskie, które szło na pomoc oblężonemu Smolenskowi. Wraz z Lisowskim dokonał nalotu na Starodub (obecnie miasto w obwodzie Bryanskim, Rosja) w 1615 roku. W 1618 roku ponownie uczestniczył w wyprawie na Moskwę, tym razem w składzie wojsk Władysława IV. W 1621 walczył w bitwie pod Chocimiem na czele własnej chorągwi. Po powrocie z Hotima natychmiast został mianowany wojewoda Połockim.
W następnym roku 1622 pod dowództwem nowego wielkiego Getmana Litewskiego Krzysztofa Radziwilla Janusz Kiszka walczył przeciwko Szwedom w Inflantach. Latem tego samego roku na czele gusarów wyróżnił się w walkach pod Mitawą (obecnie Elgawa, Łotwa).
W czasie nadchodzącej spokojnej dekady Janusz Kiszka studiuje na Uniwersytecie w Padwie we Włoszech i porządkuje swoją posiadłość w miejscowości Krzywicze w powiecie oszmiańskim. Podczas kolejnej wojny z Moskwą w 1633 r. na własne pieniądze zatrudnia 100 kozaków. Zimą tego samego roku broni Połocka przed wojskami moskiewskimi pod dowództwem wojewoda Michaila Szejna. Brał również udział w zwycięskich walkach pod Smoleńskiem. Po wojnie w 1635 roku król Rzeczypospolitej Janusz został mianowany polnym getmanem Litewskim.
W 1640 roku Janusz Kiszka przyjął stanowisko starosty Drissy (dziś Verchnedvinsk, Obwód witebski, Białoruś). A 17 lipca 1646 roku Władysław IV, król Rzeczypospolitej, mimo ciężkiej choroby Janusza, mianuje go wielkim hetmanem Litewskim. Dokładnie dwa lata później rozpoczyna się powstanie Bogdana Chmelnickiego, jednak z powodu swojej choroby Kiszka nie może w pełni uczestniczyć w stłumieniu buntu. Faktycznie prowadził wówczas armię Janusz Radziwiłł.
Janusz Kiszka zmarł 13 stycznia 1654 roku w swojej posiadłości w Kriwiczach (dziś Miadzielski, Obwód miński, Białoruś). Był żonaty z Krystyna Drucka-Sokolinska, ale nie mieli dzieci. W ciągu swojego życia udało mu się założyć dwa kościoły katolickie: pierwszy w 1620 roku - Kościół Matki Bożej Różańcowej (inaczej Kościół Najświętszej Maryi Panny Różańcowej) w miejscowości Soly w powiecie oszmiańskim (dziś agromiasteczko w obwodzie grodzieńskim, Białoruś) i drugi w 1643 roku - kościół Wniebowstąpienia Najświętszej Maryi Panny we wsi Budsław (Rejon Miadzielski, Obwód miński, Białoruś).