Jan Janowicz Glebowicz urodził się w 1544 roku. Jego ojcem był wojewoda wileński i kanclerz Litwy Jan Jerzy Glebowicz, a matką Alena z Zasławskich. Ród Glebowiczów pochodził od Monwida (Maniwida), który był wojewoda Wileńskim za czasów księcia Jagiełły, a następnie stał się najbliższym współpracownikiem Wielkiego Księcia Litewskiego Witolda.
Ojciec Jana Glebovicha zmarł w 1549 roku, a wychowaniem chłopca zajmowała się jego matka. W latach 1660-1661 Młody Glebowicz przebywał na dworze królewskim Zygmunta Augusta. W 1563 pełnił już funkcję rotmistrza w Połocku pod dowództwem miejscowego wojewody Stanisława Dowojny. Wykazał się w obronie miasta przed wojskami Iwana Groźnego, które obległy miasto 31 stycznia 1563 roku. Pomimo silnego oporu wojskom moskiewskim udało się zająć miasto, a sam Glebowicz został schwytany.
W niewoli Jan Glebowicz zaczął pełnić funkcję tłumacza, ponieważ jako jedyny znał język rosyjski. Występował w imieniu jeńców i uczestniczył w negocjacjach między Iwanem Groźnym a Ambasadą Zygmunta Augusta. Oprócz tłumaczenia prowadził tajną korespondencję z ambasadorami Zygmunta, a jeden z jego tajnych listów został przechwycony przez ludzi Groźnego. Car moskiewski postanowił to wykorzystać i zamiast jakichkolwiek konsekwencji dla niego zaproponował Glebovichowi, aby Mu służył.
Ponieważ negocjacje w sprawie wymiany i uwolnienia jeńców litewskich i polskich z niewoli moskiewskiej były bardzo trudne, a Grozny cały czas groził wygnaniem ich do odległych prowincji Księstwa Moskiewskiego, gdzie warunki przetrzymywania jeńców były bardzo złe, Jan Glebowicz zgodził się służyć Iwanowi Groznemu, aby przynajmniej w ten sposób uwolnić się z niewoli i pomóc innym jeńcom.
Po podpisaniu dokumentów, że Glebowicz zgodził się służyć Iwanowi groźnemu, jesienią 1565 roku został zwolniony z niewoli. Po przybyciu na Litwę, natychmiast powiedział Zygmutowi Augustowi, że został zmuszony do podpisania tej umowy, aby wyjść z niewoli, i że miał rekrutować ludzi na Litwie do służby Księstwu Moskiewskiemu.
Pomimo tego, że wielki książę litewski i król Polski Zygmunt August, ufał Janowi Glebowiczowi, musiał jednak zgodzić się na przeprowadzenie procesu sądowego nad nim, z powodu jego przyznania się do podpisanych dokumentów o służbie Moskiewskiemu carowi. Nie wiadomo dokładnie, kto zainicjował ten proces, być może przez krytyków i litewskiego wielkiego marszałka Jana Chodkiewicza, z którym miał chłodne stosunki, a być może Chodkiewicz, ze względu na swoje stanowisko, był zmuszony wezwać go do sądu, aby przestrzegać wszystkich formalności. Tak czy inaczej, Zygmunt August, uniewinnił Glebowiecza, argumentując, że podpisał te dokumenty pod przymusem, że nie można go uznać za zdradę, tym bardziej, że natychmiast po przybyciu na Litwę z niewoli moskiewskiej opowiedział o tym.
Przez cały ten proces Jan Glebowicz kontynuował karierę państwową i wojskową. W 1571 roku został mianowany kasztelanem mińskim, w 1575 roku starostą aniksztskim, w 1576 roku starostą radoszkowickim, w 1580 roku podskarbiuszem litewskim, w 1585 roku kasztelanem trockim, a w 1586 roku Wojewoda trockim.
Chociaż Glebowicz jako wojskowy brał udział w 1579 roku w wyzwoleniu Połocka, zajęciu wielkich łuków i oblężeniu Pskowa, najbardziej zajmował się działalnością państwową, gdzie osiągnął wielkie sukcesy. Brał udział w przyjęciu Unii Lubelskiej, odgrywał niemałą rolę w wyborze królów Rzeczypospolitej; Henryka Walua, Stefana Batorego i w czasie wyboru Zygmunta Wazy przewodniczył delegacji z prośbą o podpisanie trzeciego statutu Litwy. Poza tym bez niego nie obyły się żadne negocjacje i podpisanie jakichkolwiek dokumentów z Księstwem Moskiewskim, które z reguły kierował.
Oprócz podstawowej działalności Glebowicz zajmował się również mecenatem sztuki i jako pierwszy Katolik, który przeszedł na kalwinizm, był jednym z tych, którzy ofiarowali na sobór kalwiński w Wilnie, a także za własne środki zbudował Sobór kalwiński w Mińsku i Zasławiu, gdzie na jego zaproszenie przez pewien czas pracował filozof i teolog Szymon Budny.
Był żonaty z córką wojewoda inowrocławskiego Jana Erazma Krotoskiego, Katarzyną. W małżeństwie mieli dwóch synów Jana i Mikołaja. Jan Janowicz Glebowicz zmarł w 1590 roku.