Jan Piotr Sapieha, przedstawiciel linii Czerejsko-Różańskiej rodu Sapiehów herbu Lis, urodził się w 1569 roku w rodzinie Pawła Sapiehy i Anny Chodkiewicz, był kuzynem kanclerza Litwy Lwa Sapiehy. Według niektórych danych Jan Sapieha urodził się w Mohylewie, według innych w Bychowie.
Jako członek jednego z najpotężniejszych rodów magnackich na Litwie otrzymał odpowiednie wykształcenie. Do 1587 roku Jan Sapega studiował w Akademii Wileńskiej, następnie kontynuował naukę na Uniwersytecie w Padwie. Wybór został dokonany na korzyść zawodu wojskowego.
Pierwsze doświadczenie bojowe Jan Piotr Sapieha zdobył w 1595 roku w walkach z Tatarami krymskimi i wołochami podczas wojen mołdawskich. Następnie wziął udział w wojnie Rzeczypospolitej z Królestwem Szwedzkim. 7 stycznia 1601 roku zwyciężył w słynnej bitwie pod Wenden. Pół roku później prawie zginął w bitwie pod Kokenhausen. A dwa lata później uczestniczył w rozbiciu Szwedów pod Rakvere (Estonia) i zajęciu Dorptu (dziś Tartu, Estonia). Podczas bitwy pod Kirchholmem dowodził prawym skrzydłem Jana Karola Chodkiewicza, chorągwiami husarskimi i piatigorskimi, którymi uderzył w wywabionych ze swoich pozycji Szwedzkich reitarów. Zdołał się oprzeć flankowemu uderzeniu Szwedzkich jeźdźców skierowanych przez Karola IX z ostatniego z jego rezerwy. I to dzięki wytrwałości wojowników Sapegi, Jan Chodkiewicz miał okazję wysłać w obejście wroga jedną ze swoich jednostek wojskowych, która uderzyła w gołą flankę Szwedów. Za swoje zasługi wojskowe Jan Piotr Sapieha w 1606 roku od króla Rzeczypospolitej otrzymał w posiadanie miasto Uświat.
Sapieha był również uczestnikiem Konfederacji Brzeskiej, która powstała z powodu długów z obiecanego wynagrodzenia armii. Latem 1607 roku, podczas powstania przeciwko królowi Rzeczypospolitej Sigismundowi III, kierowanemu przez szlachcica Zebżydowskiego, stanął po stronie korony. Dowodził chorągwią husarską i kozacką, wziął udział w rozbiciu powstańców w bitwie pod Guzowem.
Po uzyskaniu zgody swojego kuzyna kanclerza litwy Lwa Sapegi i wbrew woli króla Rzeczypospolitej, Jan Piotr Sapega zaoferował swoją pomoc fałszywemu Dmitrijowi II w zdobyciu tronu Moskiewskiego. Po zebraniu dobrze przygotowanego dwutysięcznego wojska w lipcu 1608 roku przekroczył granicę litewsko-moskiewską.
Po zajęciu Wiazmy, spotkaniu Mariny mniszek z jej ojcem, Jan Piotr Sapega uroczyście wprowadził ich do Tuszyn do Fałszywego Dmitrija II. W październiku 1608 roku pokonał trzydzieści tysięczne wojsko Iwana Szujskiego pod Rochmanowem, liczba wroga była dwukrotnie większa. Podczas tej bitwy, po dwóch nieudanych atakach, Sapieha został ranny kulą w głowę, jednak ze słowami: "ojczyzna jest daleko. Zbawienie i duma są przed nami, a wstyd i zatracenie za plecami", ponownie poprowadził swoje wojska do przodu. Wojska Szujskiego nie wytrzymały tego ataku i uciekły.
Przez 16 miesięcy oblegał Klasztor Trójcy Sergiusza. Podporządkował kraj Zamoskworecki. W lutym 1610 roku zajął Dmitrow. Miesiąc później został pokonany przez wojska moskiewsko-szwedzkie pod dowództwem Skopina-Szujskiego. Jednak ta porażka nie przeszkodziła mu latem 1610 roku w marszu na Moskwę, a jego żołnierze ogłosili Sapegę swoim getmanem. Po przybyciu do Moskwy, gdzie już powstała siedmiobojarska, prowadził negocjacje w sprawie przekazania władzy kłamcy Dmitrijowi II.
Latem 1611 roku Sapega kontynuował działania wojenne i zajął Aleksandrową osadę, następnie obłożył Peresław-Zaleski i szturmem zajął Białe Miasto w Moskwie. To było jego ostatnie zwycięstwo.
Jan Piotr Sapieha zmarł z powodu choroby na Kremlu. Został pochowany w Lepunach Grodzieńskiego paveta (dziś Leponis, Republika Litewska). Z żoną Zofia Wejher miał córkę Zuzannę Zofię i synów Andrzeja Stanisława, Jana, Floriana, Pawła Jana-przyszłego hetmana wielkiego. Po sobie zostawił dziennik, który prowadził podczas swojej wyprawy na Moskwę, obecnie dokument znajduje się w Archiwum Państwowym Szwecji w Sztokholmie.